De repente cuando utilizamos archivos de texto por ejemplos hechos en Windows y queremos usar en Linux nos muestra nuestro molesto caracter  ^M

una manera rapida de quitarlos

cat main.cpp |tr -d "\r" > archivo.tmp

O en caso de que sean varios archivos podemos meterlos en un ciclo for

for i in $(ls -1);
do  
    cat $i|tr -d "\r" >temporal.tmp
    mv temporal.tmp  $i
done

y listo